U provedbi projekata ENCONET nerijetko surađuje s Fakultetom elektrotehnike i računarstva (FER) Sveučilišta u Zagrebu. Prema potrebi, u projekte se uključuje i druge specijalizirane organizacije i tvrtke (Institut Ruđer Bošković, Institut Jožef Stefan, Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada, Ekonerg, APOSS, Sipro, IBE, IDOM, …).